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CRISPR那些事儿

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FAQ

选择适合的基因传递系统需要根据具体实验条件、研究目的以及细胞类型等因素综合评估。定量比较各种系统的传递效率、细胞毒性和稳定性等是进一步明确选择的重要步骤。
病毒递送系统适用于需要高递送效率、基因持续表达的试验,细胞可承受较高的细胞毒性和免疫反应;如果需要较低的细胞毒性和免疫反应,并且操作简便、成本低,则选择脂质体基因传递系统。如果需要高递送效率、递送大片段DNA,且能接受较高的操作难度,基因枪基因递送系统是一个可选的方法。假如需要高递送效率,操作相对简单,且无需特殊设备,电穿孔递送系统可能是一个适合的选择。
KO细胞系和基因敲除动物模型都用于研究基因功能,但它们各自有不同的应用场景和优势。KO细胞系在体外实验中使用,适用于高通量筛选和细胞水平的基因功能研究。基因敲除动物模型则在体内实验中使用,适用于研究基因在整个生物体中的功能及其与其他基因和环境的相互作用。
单质粒系统一次转染即可完成基因编辑,构建相对简单,但质粒较大并导致 感染效率偏低;双质粒系统中,使用使用两种载体分别装载Cas9或sgRNA表达盒。先构建Cas9稳转株,然后在Cas9稳转株的基础上转染sgRNA文库。有如下优点:
1)提高编辑效率:Cas9蛋白和sgRNA在不同的载体上独立、稳定表达,可以提高编辑效率。
2)灵活性:可以根据实验需要,灵活地进行载体设计和构建。比如一个载体装载两个sgRNA表达盒。
CRISPR文库类型可分为全基因组文库和亚基因组文库。如果目标是进行全基因组范围内的筛选,那么全基因组文库是最佳选择。这类文库通常包含针对整个基因组的sgRNA。如果研究目标有偏向性,如只关注特定基因家族或特定信号通路,那么可以选择亚基因组文库,以减少不必要的筛选工作量和成本。
艾迪基因采用行业顶级的3D单细胞打印技术,能够将单个细胞精确地分离和定位,可以大大提高单克隆筛选的成功率和工作效率。这项技术广泛应用于生物医药研发、抗体开发、药物筛选和治疗选择等领域,在细胞研究领域有着广泛的应用前景。
目前玉米蛇无详细的参考基因组数据,艾迪基因目前只提供已知基因检测服务。
目前建议提供蜕化的蛇皮即可检测。
依托艾迪基因实验室,采用双盲复核机制,第三方公司测序验证,准确率>99.9%。
基因干扰(Gene Knockdown)是通过小RNA分子(如siRNA、shRNA)或CRISPRi系统部分抑制目标基因表达的技术:
siRNA/shRNA:siRNA与细胞内的RISC复合体结合,降解靶标mRNA,阻断蛋白翻译。
CRISPRi:改造的dCas9蛋白结合gRNA后阻断基因启动子,抑制转录(不切割DNA)。
适用场景:基因功能研究、疾病机制解析、药物靶点验证。
siRNA: 瞬时效应(5-7天),适合短期表型检测。
shRNA/CRISPRi: 筛选稳转株➡永久性抑制(传代20代以上仍有效)
技术类型 适用场景 交付形式
siRNA转染 快速验证(72-96小时效果) 快速验证(干扰后细胞/实验报告)
shRNA病毒载体 长期抑制(稳定株筛选) 病毒颗粒/稳转株细胞
CRISPRi 高特异性、抑制(i)基因 dCas9细胞系+gRNA载体
参数 siRNA shRNA(病毒载体) CRISPRi
作用周期 瞬时(5-7天) 长期(可稳定传代) 长期稳定
细胞适用性 易转染细胞 广谱(包括难转染细胞) 需要构建dCas9细胞系
脱靶风险 中-高 极低
用途 快速验证 动物/细胞模型 高精度调控
选择建议:
快速验证: siRNA。适用于在易转染细胞中快速测试1-2个基因的功能,成本低速度快。
建立稳定敲低细胞系或体内基因沉默: shRNA (病毒递送)。技术成熟,能实现长期稳定沉默,广泛用于构建细胞模型和动物模型。
高特异性、低脱靶、可逆调控、多基因操作、非编码RNA靶向: CRISPRi (病毒递送建立稳定株)。
虽然KO细胞系技术强大,但并非所有基因都适合敲除。某些基因的敲除可能导致细胞死亡或严重的生理功能障碍,特别是那些对细胞存活至关重要的基因。在这种情况下,可以选择条件性敲除或基因敲降(如RNAi)来研究这些基因的功能。
稳转株和瞬转株的主要区别在于基因表达的持续时间和稳定性:
瞬转株—目标基因在细胞内短暂表达,通常持续数小时到数天,适用于短期实验。
稳转株—目标基因稳定整合到细胞基因组中,能够长期表达,适用于长期研究和生产。
诱导多能干细胞(iPSC)是一类通过将成体细胞重新编程为多能状态的细胞。它们具有类似于胚胎干细胞的特性,能够分化为体内的几乎所有细胞类型。这种技术允许科学家在体外生成各种细胞类型用于研究和治疗,而不需要使用胚胎干细胞。
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