CRISPR-Cas9介导的基因敲入主要依赖同源定向修复(HDR)机制,但在大尺寸DNA片段插入时存在明显局限:效率受细胞周期限制、大型供体递送困难,且双链断裂可能引发基因组不稳定。
因此,研究人员一直在探索不依赖传统修复机制、能够直接完成精准DNA写入的新型技术路径。
近期,《Nature Biotechnology》同期发表研究论文与观点文章,聚焦工程化重组酶在大尺寸DNA精准整合领域的新进展。
其中,Sangamo Therapeutics研究团队开发了工程化丝氨酸整合酶平台——MINT(Modular Integrase)系统,通过重新设计Bxb1整合酶的靶向能力,实现了在人源细胞中特定位点的大型DNA精准整合。
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工程化丝氨酸整合酶的潜力与局限
丝氨酸整合酶(serine integrase)是一类天然具有DNA整合能力的重组酶。
与依赖DNA断裂修复的编辑方式不同,丝氨酸整合酶能够直接介导DNA片段定向插入,因此在大尺寸DNA整合领域具有独特优势。
其中,来源于噬菌体的Bxb1整合酶因具有较高整合效率,长期以来被认为是开发基因写入工具的重要候选。
然而,天然Bxb1整合酶存在一个关键限制:它只能识别特定的attB/attP靶序列,而这些天然识别位点并不存在于人类基因组中。
此前,为实现整合酶在人类细胞中的应用,研究人员通常需要先在目标区域引入可识别的landing pad序列,再利用整合酶完成DNA插入。这一额外步骤增加了系统复杂性,也限制了其在原位基因编辑和细胞治疗中的应用。
02
MINT平台的大尺寸DNA整合能力
针对天然整合酶靶向能力有限的问题,Sangamo团队开发了MINT平台。
他们通过结构建模、定向进化以及人细胞筛选体系,对Bxb1整合酶进行重新设计,使其能够识别人类基因组中的目标区域,实现无需预先插入外源识别序列的大尺寸DNA精准整合。
该策略的核心突破在于:将天然只能识别固定att位点的整合酶,转变为能够根据需求重新定位的人源基因组编辑工具。
研究团队进一步在人源细胞中验证了MINT平台的整合效率。
通过结合Bxb1活性增强突变体以及锌指DNA结合结构域,研究人员在K562细胞系中实现了多个基因组位点的精准整合:
· AAVS1位点达29%
· TRAC位点达35%。
更为关键的是,团队在原代人类T细胞中验证了该系统的临床转化潜力——在TRAC位点实现了29%的GFP报告基因整合效率。
这一结果直接指向CAR-T等T细胞疗法开发中的基因插入环节,通过将治疗性基因精准插入特定基因组区域,有望提升细胞产品的一致性和安全性。
03
展望与挑战
随着基因编辑应用不断深入,大尺寸DNA精准整合正在成为多个技术方向竞争的重要领域。
除丝氨酸整合酶外,CRISPR关联转座酶(CAST)、桥连RNA重组系统及引导编辑衍生技术等路线也在同步推进。
此前,Durrant等人系统筛选了可用于人类基因组大片段整合的重组酶家族,为Bxb1等工程化整合酶的发展奠定了基础。
Nature Biotechnology同期观点文章也指出,重定向重组酶技术正在为大型DNA精准插入提供新的解决方案。
未来,基因编辑领域可能不再由单一技术路线主导,而将形成针对不同应用需求的多元化工具体系。更高效率、更大载荷、更精准定位,将成为推动下一阶段基因编辑应用落地的重要方向。
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参考资料
[1] Fauser, F., Arangundy-Franklin, S., et al. Retargeted serine integrases for one-step, precise integration of large DNA sequences in human cells. 2026.
[2] Palmgren, G. Retargeted Serine Integrases Enable Precise Large-Gene Insertion. 2026.
[3] Sangamo Therapeutics. Sangamo Therapeutics Presents Next-Generation Modular Integrase Technology Engineered to Enable Large-Scale Genome Editing. 2024.
[4] Sangamo Therapeutics. Form 10-K (FY2025). 2026.
[5] Sangamo Therapeutics. Sangamo Therapeutics Announces Exploration of Strategic Alternatives to Maximize Value for Stakeholders. 2026.
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